El Programa de Doctorado se basa en un sistema de tutoría, por lo que las actividades académicas del plan de estudios no tendrán valor en créditos, sino que consisten fundamentalmente en la realización de un proyecto de investigación original, supervisado semestralmente por un comité tutor, que culmine con la tesis de grado.

La investigación de tesis de doctorado deberá inscribirse en las líneas de investigación del Programa. Al iniciar su doctorado, el alumno elaborará su proyecto de investigación y su plan de trabajo conjuntamente con su tutor principal, y se designará un comité tutor que tiene entre sus funciones el aprobar y evaluar el plan de trabajo del alumno, así como evaluar semestralmente el avance de dicho plan. El comité tutor estará constituido por el tutor principal, quien funge como director de la tesis, y dos tutores relacionados con el campo de conocimiento del proyecto. El programa se cursa en ocho semestres para alumnos de tiempo completo y en diez para alumnos de tiempo parcial.

El Programa de Doctorado se encuentra en nivel de competencia internacional ante el Programa Nacional de Posgrados de Calidad de CONACYT, por lo tanto ofrece a sus alumnos de tiempo completo y dedicación exclusiva la posibilidad de postularse por una beca de estudios del CONACYT.